Yi Hwan diputerakan oleh Puteri Mahkota Jo dan Putera Mahkota Hyomyeong pada 8 September 1827 di Gyeongchunjeon (경춘전, 景春殿) di dalam Istana Changdeok. Dikatakan bahawa ketika sehari sebelum baginda diputerakan, ibunda baginda bermimpi memberikan anakandanya sebuah kotak berisi pohon yang diukir dengan batu jed, dan pada hari keputeraannya, sekumpulan burung jenjang terbang dari ruang depan dan berkeliaran lama. Baginda dan yang lain menganggapnya pelik.[1] Heonjong yang muda naik takhta pada tahun 1834 semasa berusia 7 tahun setelah nendanya, Raja Sunjo, mangkat. Sama seperti Raja Sunjo, Heonjong menaiki takhta pada usia muda dan nenda perempuannya, Permaisuri Sunwon pula menjadi pemangku. Walaupun Raja Heonjong naik takhta, baginda tidak memiliki kuasa politik terhadap Joseon. Ketika Heonjong mencapai usia dewasa, Permaisuri Sunwon enggan melepaskan kuasanya. Pada tahun 1840, penguasaan kerajaan kemudian diserahkan kepada suku Kim dari Andong, keluarga nendanya Permaisuri Sunwon, beikutan penganiayaan Gihae anti-Katolik pada tahun 1839.

Raja Heonjong mangkat setelah memerintah selama 15 tahun pada tahun 1849 pada usia 21 tahun. Baginda dimakamkan di makam Gyeongneung di dalam Kluster Makam Donggureung di Seoul, di mana beberapa orang raja dan permaisuri dari Dinasti Joseon dikebumikan, bersama Permaisuri Hyohyeon dan Permaisuri Hyojeong.[2] Apabila Raja Heonjong mangkat tanpa pewaris, takhta diturunkan kepada keturunan Raja Yeongjo yang seterusnya, Raja Cheoljong.

Seperti kebiasaan dengan Sejarah Dinasti Joseon, catatan pemerintahan Heonjong disusun setelah kemangkatannya, pada tahun 1851. Penyusunan babad16 jilid ini diselia oleh Jo In-yeong, bapa saudara ibundanya.